Markaz - yuqumli kasalliklar epidemiologiyasining mintaqaviy xususiyatlari, patogen mikroorganizmlar mikrobiologiyasi, shuningdek, yangi diagnostika usullarini ishlab chiqish, yuqumli kasalliklarni davolash va oldini olish bo'yicha ilmiy tadqiqotlarni muvofiqlashtirish markazi.
Markaz klinikasi respublikadagi yuqumli va parazitar kasalliklarga qarshi kurash va profilaktika uslubiy -tashkiliy markazidir. Klinikada asosan respublika viloyatlari va Toshkent shahridan bo'lgan diareya, brutsellyoz, virusli gepatit, gelmintoz, tif va paratif isitmasi, botulizm, bezgak, sepsis, toksoplazmoz va boshqa kasalliklarga chalingan kattalar va bolalarga yordam ko'rsatiladi.
Keyingi yillar uchun markazning asosiy ilmiy yo'nalishlari:
1. O'tkir ichak infektsiyalari, zoonozlar, parazitar kasalliklar uchun yangi patogenetik tushunchalarni ishlab chiqish
2. Eng muhim yuqumli kasalliklarning epidemiologik monitoringi uchun zamonaviy asoslarni ishlab chiqish
3. O'zbekistondagi eng muhim yuqumli kasalliklarning zamonaviy klinik kursining xususiyatlarini o'rganish
4. Eng muhim yuqumli kasalliklarni laboratoriya diagnostikasining yangi usullarini ishlab chiqish va sog'liqni saqlash amaliyotiga joriy etish
5. O'zbekistonda eng muhim yuqumli kasalliklarni etiopatogenetik davolash usullarini takomillashtirish
6. Qisqa va uzoq muddatli prognozni ishlab chiqish maqsadida eng muhim yuqumli kasalliklarni matematik modellashtirishning yangi usullarini yaratish.